Недавнее исследование, опубликованное вМикробиомВ ходе исследования был проведен метагеномный анализ вирусов у 846 диких мелких млекопитающих, включая летучих мышей, грызунов и землероек, собранных в Сьерра-Леоне, Западная Африка. В результате было выявлено в общей сложности 39 ассоциированных с млекопитающими РНК-вирусов, в том числе 26 новых и 13 ранее известных. Среди них наибольшее разнообразие было отмечено в семействе Paramyxoviridae, а наибольшее количество вирусных видов (n = 26) было обнаружено у грызунов.
Оценка зоонозного риска выявила три известных зоонозных вируса — вирус энцефаломиокардита, вирус Ласса и Rocahepevirus sp., — а также три вируса с потенциальным риском передачи от человека к человеку: вирус Мелиан, вирус гепатита грызунов и Hunnivirus A. Примечательно, что среди вновь выявленных вирусов Bat ledantevirus 2 показал наиболее тесную филогенетическую связь с вирусом Le Dantec, поражающим человека. Серологический анализ дополнительно выявил нейтрализующие антитела к этому вирусу у 2,8% местных жителей, что предполагает предшествующее, вероятно, невыявленное, заражение человека.
Эти результаты подчеркивают наличие значительного вирусного резервуара, преимущественно обитающего среди грызунов, в Западной Африке и указывают на критическую важность комплексных стратегий эпидемиологического надзора на стыке взаимодействия человека и животных. Сочетание метагеномного скрининга с серологической валидацией обеспечивает надежную основу для выявления вирусов с зоонозным и инфекционным потенциалом.
За последнее десятилетие более 60% новых инфекционных заболеваний у человека возникли из животных-носителей, при этом летучие мыши, грызуны и землеройки признаны ключевыми носителями зоонозных вирусов. Африка широко считается очагом зоонозных заболеваний. Например, в Сьерра-Леоне во время вспышки лихорадки Эбола в 2014–2016 годах было зарегистрировано более 28 000 случаев заболевания.
Несмотря на значительную распространенность зоонозных заболеваний в этом регионе, разнообразие и распространение вирусов среди диких мелких млекопитающих остаются недостаточно изученными. Для решения этой проблемы исследователи провели систематический анализ вирома 846 диких мелких млекопитающих, отловленных в трех местах в Сьерра-Леоне в период с 2018 по 2023 год. Целью исследования было охарактеризовать разнообразие вирусов, выявить кандидатов с потенциалом межвидовой передачи, оценить зоонозный риск и получить данные для поддержки систем раннего предупреждения о возникающих инфекционных заболеваниях.
Основные методы
В исследовании был применен комплексный подход к вирусной метагеномике:
- Обработка образцов:Образцы тканей сердца, печени, селезенки, легких и почек были собраны, объединены, гомогенизированы и подвергнуты экстракции общей РНК.
- Секвенирование и сборка:Перед созданием библиотеки было проведено удаление рибосомальной РНК, после чего выполнено высокопроизводительное секвенирование с использованием платформы Illumina NovaSeq 6000. Вирусные контиги были собраны de novo.
- Идентификация вируса:Вирусы идентифицировались на основе выравнивания генов РНК-зависимой РНК-полимеразы (RdRp). Были отобраны только вирусы, ассоциированные с позвоночными, за исключением бактериальных, грибковых и растительных вирусов.
- Биоинформатический анализ:Были проведены филогенетическая реконструкция, анализ рекомбинации, моделирование сети межвидовой передачи и оценка зоонозного риска.
- Серологическая валидация:Для определения нейтрализации псевдовируса летучей мышиного ледантевируса 2 был разработан метод нейтрализации на основе вируса везикулярного стоматита (VSV). Нейтрализующие антитела были обнаружены в 2,8% образцов сыворотки крови человека, что свидетельствует о потенциальной зоонозной передаче.
ИзучатьРезультаты
1. Открытие и разнообразие вирусов
В данном исследовании был проведен транскриптомный анализ секвенирования 846 диких животных, собранных в Сьерра-Леоне, включая грызунов, летучих мышей и землероек. На основе полных последовательностей гена РНК-зависимой РНК-полимеразы (RdRp) было идентифицировано в общей сложности 39 ассоциированных с млекопитающими РНК-вирусов, в том числе 13 ранее известных вирусов и 26 новых вирусов.
С точки зрения вирусного состава, семейство Paramyxoviridae продемонстрировало самый высокий уровень разнообразия среди всех трех отрядов хозяев, за ним следуют Astroviridae и Picornaviridae. Что касается распространения среди хозяев, то наибольшее вирусное разнообразие было обнаружено у грызунов, которые являются носителями в общей сложности 26 видов вирусов, что указывает на их важную роль в качестве резервуаров вирусного разнообразия в регионе.
2. Зоонозный риск
В результате оценки зоонозного риска были выявлены три известных зоонозных вируса: вирус энцефаломиокардита, вирус Ласса и вид рокахепевируса. Кроме того, были определены три вируса — мелианский вирус, вирус гепатита грызунов и хуннивирус А — которые потенциально могут представлять опасность передачи от животных к человеку.
Среди 26 вновь обнаруженных вирусов четыре, согласно прогнозам, обладают высоким зоонозным потенциалом на основе филогенетических и геномных характеристик. Примечательно, что вирус Bat ledantevirus 2 продемонстрировал наиболее тесную филогенетическую связь с известным вирусом Le Dantec, поражающим человека.
Последующее серологическое исследование дополнительно подтвердило этот вывод, поскольку нейтрализующие антитела к летучему дантевирусу 2 были обнаружены в 2,8% сывороток местных жителей. Этот результат предполагает, что в человеческой популяции уже могли иметь место невыявленные или бессимптомные инфекции, что указывает на потенциальный, но ранее не обнаруженный путь зоонозной передачи.
3. Динамика межвидовой передачи
Анализ межвидовой передачи показал, что грызуны занимают центральное место в сети обмена вирусами, выступая в качестве ключевых узлов, облегчающих обмен вирусами между видами-хозяевами. В общей сложности было выявлено 15 вирусов, обладающих потенциалом для межвидовой передачи.
Дальнейший анализ закономерностей передачи вируса между отрядами показал, что обмен вирусами происходил чаще между хозяевами в пределах одного таксономического отряда, что указывает на важную роль родства хозяев в динамике передачи. В отличие от этого, летучие мыши продемонстрировали относительно меньшую способность к передаче вируса между отрядами.
Важно отметить, что у некоторых вирусов наблюдались признаки расширения круга хозяев. Например, вирус мелиана, который ранее считался специфичным для землероек, в этом исследовании был обнаружен и у грызунов, что указывает на потенциальное изменение адаптивности хозяина и повышенный риск более широкого распространения.
Выводы и последствия для общественного здравоохранения
- Высокое разнообразие вирома у мелких диких млекопитающих:Обнаружение 39 РНК-вирусов, включая 26 новых видов, свидетельствует о наличии обширного вирусного резервуара в регионе и впервые сообщает о новых вирусах с высоким зоонозным потенциалом (например, Bat ledantevirus 2).
- Грызуны как приоритетные объекты наблюдения:Грызуны являются ключевыми центрами передачи вирусов и несут в себе наибольшее вирусное разнообразие, представляя собой наибольший риск распространения инфекции.
- Необходимость комплексных стратегий эпидемиологического надзора:Полученные результаты подтверждают необходимость приоритетного включения грызунов в программы активного наблюдения и внедрения комплексных подходов, сочетающих метагеномику, серологию и экологический мониторинг на стыке взаимодействия человека и дикой природы.
В целом, данное исследование предоставляет важные доказательства в поддержку систем раннего предупреждения и рамок оценки рисков для возникающих зоонозных заболеваний, подчеркивая важность активного эпидемиологического надзора в регионах с высоким риском.
Информация о продукте
Дата публикации: 23 марта 2026 г.